L'héparine sodique brute est le sel de sodium de l'aminoglycane sulfaté extrait de la muqueuse intestinale grêle de porc. Grâce à des étapes de dissociation, de séparation et de purification de l'héparine, il peut être transformé en nouveaux anticoagulants tels que l'héparine sodique de bas poids moléculaire, qui ont des effets anticoagulants et antithrombotiques. L'héparine sodique brute est un terme général désignant un groupe de mélanges de mucopolysaccharides acides avec différents poids moléculaires. Il a une molécule en chaîne linéaire composée d'unités répétitives d'hexose ou d'octose, avec un poids moléculaire compris entre 3000 et 30000, et un poids moléculaire moyen d'environ 15000.
Ce produit se présente sous la forme de particules solides ou de poudre de couleur jaune, brune, grise ou similaire. Insoluble dans les solvants organiques tels que l'éthanol et l'acétone, facilement soluble dans l'eau. La molécule est acide, est un polyanion et peut réagir avec des cations pour former des sels.